福州清凉寺始建于明永乐年间，浙船木商公会（浙船会馆）在泛船浦所建的馆庙，分祀如来佛与海神妈祖，当时的寺名叫“浙船禅院”，俗称“下北馆浙船禅院”。
清凉禅寺位于福州市仓山区城门镇清凉山南临乌龙江，扼峡江入闽都之咽喉，为关津要地。山上林木蓊郁，环境清幽优美，有清凉的江风吹拂。登高可南瞰乌龙江峡兜古渡和江南岸平原，北顾南台岛城乡日新月异景象，东望巍峨鼓山、浩瀚马江，西眺五虎山旗山诸峰，亦为观景胜地。
寺院占地面积6400平方米，由鼓山曹洞正宗的超然和尚驻锡于此，法事兴隆，位居仓山七座寺庙之首，连广馨寺、长兴寺都是它的别院，香火盛极一时。随后几经沧桑，没落销声。寺院于清嘉庆年间重建。1949年改为清凉寺，原为砖木结构，1994年被改建为双层混凝土结构。建筑底层为佛殿。
门口两头石狮子威风凛凛，登上九级台阶，便到了山门，藻井精美，龙柱呈祥，两面对联写着“无上胜妙地，离垢清凉园”。
入门处是一尊笑口常开的弥勒佛，踏入寺内，果然一丝凉意扑面而来，让人神清气爽。因为小巧，寺内只有一座大殿，大殿坐西朝北，占地约300平方米。面阔三间，进有五柱，穿斗式木构架，双坡顶。与别处不同的是，韦陀尊者却不在弥勒佛的背面，而是移到了大殿的左侧，与大雄宝殿面面相觑。
殿右有座亭，亭里有口古井，呈五角型，其中四面龙飞凤舞写着“龙泉古井”四字，井旁有一块“嘉庆七年初冬吉日”的古碑立在一赑屃背上，井后石壁上刻着一只翱游于江面上的飞龙。
大门口有三块石碑，皆是浙江木商公馆所立，年份依次为乾隆五十一年（1786年）、嘉庆七年（1802年）、道光六年（1826年），历时最远的已有两百多年，经岁月沧桑、风雨洗礼，碑体早已侵蚀、剥落得厉害，表面斑驳不清，有的字迹已模糊至几乎难辨。
