马祖境天后宫是马祖地区香火最鼎盛也最气派的庙宇，又称为马港天后宫，柱头使用四千多块斗形木块，根据文献资料在清朝嘉庆年间就已经兴建，大约每20年修缮一次，现今庙宇为2002年新建，为宫殿式建筑，气宇恢弘、整体庄严，结合两岸三地工匠共同完成，龙柱石刻、浮雕门神等装饰手法华丽而讲究，天后宫中供桌前方的石棺，相传便是妈祖娘娘圣体奉安的处所。
每年妈祖农历生日时，都会举办盛大的庆祝及绕境活动，当晚灯火通明，鞭炮声不绝于耳，庙会气氛浓厚，是当地一大盛事。 2009年3月，马祖籍画家及登山家李小石，带着妈祖金身爬上喜马拉雅山，让祂成为第一尊登上圣母峰的神明，该尊金身现在正供奉在马祖境天后宫，供信众参拜。
马祖境天后宫是马祖地方的守护神，也是岛上居民的信仰中心，庙里香火鼎盛，来南竿可别忘记来此上香求平安喔！
南竿马祖村居民口耳相传，当妈祖之父遭逢船难，她便投海救父，却不幸遭恶浪吞噬，尸身漂至马祖村内澳口，后经居民发现后拾起安葬，民众为感其孝心，以雕刻凤纹的石棺厚葬。 妈祖生前为善人间，又得地灵之利，于九月初九在此羽化升天。 明朝时，妈祖受封为天妃，清康熙时晋封为天后，也就是天上圣母的别称，因此供奉妈袓的庙，便命名为天后宫。
在马祖境天后宫的不远处，有座直立高耸的剑碑，又称为“马祖之剑”，碑体充满了阳刚气息，过去曾是防区重要的精神堡垒，而当前成为了醒目的观光地标，来到南竿马祖村，别忘了细细观赏哟！
