五灵公又称五方瘟神、五毒大神或五瘟使者等，在各地和福州最早都是作为瘟神信仰的。瘟神信仰在福州的传播和盛行，又与福州历史地理、端午时节气候以及瘟疫等传染性疾病流行状况有着重要的关联。
古籍记载的“闽在海中”，实际上指的是古代的福州位于浅海中。原始社会末期，福州盆地是个浅海湾，为群山环绕的“地中海”，海水退走后形成许多称“屿”的陆地和沼泽湿地。闽江自西向东横切盆地奔流入海，沿途形成许多河湖港汊，与海洋的潮汐互动，江海相接，河湖遍布，水网稠密。
由于地势低洼，缺少堤防，每年闽江洪水都要淹没福州沿江一带地区。端午湿热多雨，洪水从中上游带来的人畜尸体常引起瘟疫爆发，死亡惨重。仅在清道光年间，史籍就记载了福州府有十二年爆发大规模的瘟疫，其中“春，痘疹大作，死者不可胜数”、“自春至夏，疫痘盛，男女多殇”、“大疫，霍乱暴死者众”等诸多记载，至今读来仍令人不寒而栗。
由于古代医学水平低下，民众只能通过敬祀瘟神取得个人精神上的支撑和集体抗击瘟疫的组织力、号召力。善于引进和自创造神的福州民众，根据自己的需要，对原由中原传入的瘟神五灵公进行神源的创造。原先五力士出身或讹称水里五精怪出身的，被生生改造为英雄神灵出身。五位书生为拯救福州民众，服用毒井水示警而献身坐化成神，洋溢着爱国爱民的英雄情怀。由于五灵公被改为英雄出身，正气凛然，对战胜瘟疫特别威灵，特别得到下层民众的青睐和尊崇。
为了让五灵公能在最佳的时节发挥其驱邪禳灾、护佑平安的功用，同时有利于组织动员民众，福州先贤在进行神源的创造时，就有意把五位英雄书生中毒献身、坐化成为神灵的日子，不偏不倚地安排在五月初五端午日，以彰显五灵公的瘟神地位和作用。
于是，福州众多五灵公庙宇的端午节，就成了一年中最繁忙、最热闹、最神圣的时节。端午节俗称“五日节”，各庙宇不仅“名副其实”地从初一到初五的五日天天繁忙，而且节前节后要花费许多时间精力，除了举行纪念五灵公的祭拜仪式和聚餐的传统神诞活动外，围绕着划龙舟和祛病防疫两大主题，各庙宇的节庆活动颇具特色。
祛病防疫方面，各庙宇节前“洗境”、“洗庙”，打扫各村各境卫生，清除垃圾，疏通沟渠，在阴暗处喷洒雄黄粉、石灰，消灭蚊蝇，无形中开展了一场全民爱国卫生运动;家家户户悬挂菖蒲、艾叶，请书法家书写“午时书”贴在门口辟邪;庙里请中药师或懂中药的人采药熬煮“午时茶”，制作芳香除秽的香囊，免费送给群众。一些庙宇还请名医开展送医送药的“义诊”活动，形成历史传统。
福州地区主要的神明，唯有五灵公神诞是在端午节，万众欢腾的划龙舟活动，自然是敬神娱神的最好方式，所以各庙宇把它与祭祀五灵公神明的神诞祭典紧密结合起来，倾注了最热烈的宗教感情，这是其他神明系统庙宇所难企及的。每座五灵公庙宇都有龙舟和龙舟队，除了“九庵十一涧”的知名庵堂之外，海潮寺、新港庵、水云庵、劝善庵等许多建在江岸港湾的庵堂，更是拥有颇具规模的龙舟队，一座庙宇有四五条龙舟甚至十多条龙舟，不是什么稀奇事。龙舟每年的落架、维修、洗舟、下水、破秽、请神、比赛、洗港、退神、上架等，有着一整套传统的活动仪式和程序。在闽江的白龙江、乌龙江和宽阔的内港，每年都有五灵公庙宇众多的龙舟大展身手，水上龙舟竞渡，鼓擂炮响，两岸万众聚集，欢声雷动。
