闇亭寺地处僻远的永泰县盖洋乡赤岭与尤溪县岐尾交界的戴云山东麓，原属尤溪县中仙乡吉安村之安亭。上世纪50年代，划归永泰县辖地，隶属永泰县盖洋乡赤岭村。因此地古木参天、遮天蔽日、阴晦如暗，故名暗山；又山脚倒流溪中有三个暗潭曰：“牛鼋潭”、“猪猡潭”、“雨瀑潭”，故以“暗”为寺名。又“暗”与“闇”同音同义，故取寺名为“闇亭寺”。
暗山在闇亭寺之前仅有一爿供奉观音的闇然亭。因为此地系尤溪与永泰往来的必经之处，早有古道在暗山脚下逶迤婉转，向山林的纵深方向顽强地延伸、掘展。闇然亭当为古道之凉亭，供途经之人歇脚乘凉用途。供奉观音者，期冀藉此庇佑羁旅过客旅途平安，也为方便乡邑民众朝拜之功用。这也是古道凉亭古已有之的共通之处。
虽然暗山地偏永泰一隅，但却也不是藉藉无名之辈。早在宋、明朝代，就曾有宋代儒家理学大师朱熹、明代正德皇帝朱厚照为其背过书。相传南宋庆元党禁期间，朱熹被人以“十大罪状”告下，于公元1127年-1279年间，辗转来到了临近永泰、德化与尤溪三县交界的三不管地带—暗山避难，望见暗山脚下倒流溪水流逆势回旋，想到朝廷暗流涌动，风谲云诡，不禁心绪澎湃。欣然题句于暗潭石崖：“暗潭水涌天心月”。以”天心月”自况，表明自己虽身处暗浊政治漩流却仍对朝廷一片赤诚丹心。数百年后，明末尤溪中仙乡举人张孝先年少得志，金榜题名，意气风发，宦游此地，面对转山（暗山正对面）而巧续下联“转山石卷岭头云”。其中“石卷岭云”，又是何等气势，尽显一代才子风流倜傥之英雄本色。此等对句，揉融对对者的处境、心境、情境，一抑一扬，一张一弛，抑扬有度、张弛有节，堪称天地之绝对。
明朝时期，考虑到暗山古道林深路窄、地势险要，匪盗经常出没。为了保护商旅安全，当地最高行政长官便在这段险要之地东西两侧垒石成门，设立巡检司，扼住古道，白天开启，晚上关闭，称为“寨门”。其中东寨门设在下漈村，称漈门巡检司。一日，有客官仨经过此地，亲眼目睹巡检大人与戍守寨门的戍丁一起在耕田种稻，并得到巡检司好菜好酒接待，然而，待饭足酒醒之后，巡检大人与戍守却发现客仨已沿暗山古道扬鞭而去，桌上留有纸条：“衙门无老爷，天下歌昇平，明年此时节，送个铁印来。”翌年春上，漈门巡检司果然收到了朝廷颁下的一颗铁印，另附有敕文曰：“文牒盖上铁印，可以直呈御前。”原来是大明朝正德皇帝巡游至此。从此以后，正德皇帝走过的暗山古道便更名为暗山皇道。只是闽语“皇”与“远”同音，又暗山远离周遭村落，所以“暗山皇道”又逐渐演变为“暗山远道”。于是，“暗山皇道”这一极具内涵的名字从此淹没在滚滚的历史红尘中，再也无人能识，殊是可惜。然而，至今当地民众依然流传着：“正德帝，在溪坪，有食道（有吃午饭），冇隔蛮（冇过夜）”绕口编。而当时巡检大人耕种过的溪坪稻田也被改名为官田，至今犹在。只是寨门年久失修，最终倒圯。
然而，真正让暗山声名鹊起缘于一个叫卢元意的得道高僧，大家尊称他为卢公祖师。人们为了纪念并朝拜他，共同捐资扩建闇然亭为闇亭寺。
关于卢公祖师的史料记载可见于《永泰县志·方外传》：“卢公，三十三都人，为僧于暗然亭，修道六载，辟谷不食。康熙四年九月，告乡人以死期，架柴火化，乡人祀于亭中。今祷祈遍郡邑，驱蝗最应，呼为卢祖师。” 关于闇亭寺的另一史料记载可见于《重建闇亭寺碑》：“吾观此暗山，前则帷峰列翠，万笏齐开；后则帽岫浮青，千寻直耸。隔溪烟火数家，界分永泰；绕殿岚光一色，地属尤溪。乃一方之古迹，亦百代之名区。往古有一观音殿在焉，不知创于何时何代。迨清康熙二年，卢祖师禅寂于此焚修功圆，见有灵光独异。时檀越与本境诸缘首就此亭以重建之，曰：‘闇亭寺’焉。”
根据二则史料记载，可以概括为：有位卢姓的得道高僧曾于暗然亭修道六载，辟谷不食。后于康熙二年（1662年）或康熙四年（1664年）九月便知自己大限将至，预告乡人，而后积薪自焚，有白光萦绕上空。乡众深感奇异，取他的骨架塑成神像。并聚合檀越与本境诸缘首（具体地说是由尤溪县中仙乡安宁、田坑、歧尾等四保首倡，由吉安张帷贵捐赠山场）就暗然亭以重建扩建成闇亭寺，供祀卢公祖师像。自此，闇亭寺乃成。
此后，清道光五年(1825年)和光绪十八年(1892年)重修。民国18年(1929年)寺庙历经风霜剥蚀，衰颓而栋腐。住持僧性慰化缘集资30000多银元，扩充旧址，倒堂重建，形成左右新楼，主殿按原貌扩建修葺。此次重修，得到卢兴邦、詹兴功、林大茂、卢兴荣等卢部军人的大力捐助，有石碑中的勒文佐证。
