妈祖可说是马祖的守护神，相传农历九月九日，是妈祖得道升天的日子，近年马祖人为感念妈祖舍己为人、普渡世间的精神，每年都会在这天特别举办妈祖升天祭的活动，不仅希望“妈祖在马祖”不只是口号，也让世人感念妈祖孝顺慈爱的精神。
相传生长在海边的宋代孝女林默娘，每当天黑时总会到海边高举火把，为出海捕鱼的爸爸和哥哥及还没返航的渔民照亮回家的路。 某个台风天因父亲溺海，默娘投海救父，背负父亲的尸体漂到南竿岛，当地人感动于她的孝行而隆重安葬并且建庙祀奉，以感念此事迹，也奉她为渔民的守护神，并尊称为妈祖。
由于马祖各岛的许多居民均以讨海捕鱼维生，马祖各岛屿均建有天后宫（妈祖庙），其中以南竿乡马港村的天后宫香火最为鼎盛。
升天祭活动内容包括：升天祭祀大典、园游会、民俗表演、祈福平安晚会及妈祖学术研讨会等，并邀请台湾全岛36宫庙、湄洲、蒲田等地区妈祖庙组团前来马祖进香。 2009年10月，全世界最高的妈祖像一妈祖石神像完工，更传达马祖人对妈祖的感念之情。
今年的妈祖在马祖升天祭活动内容将有别于往，除了传统动态活动外，今年增加静态文物展览，让游客能够体验到全方位不同的文化感受。 另外，马祖酒厂也配合妈祖升天祭艺术展，创妈祖娘娘赐福纪念酒，平安赐福又具纪念。
