闇亭寺座落在暗山的一个小山坳里，占地面积1896多平方米，建筑面积1350平方米。后于康熙二年（1663）扩建改为闇亭寺，大殿中线为永泰和尤溪的地界分界线。全寺由主殿、观音殿、钟鼓楼、地藏王殿、诵经楼、斋膳馆、放生池及山门所组成。寺院面积不大，具体而微。远远看去，就像遗落在青山绿水间的一颗黑玛瑙。又像一处独具特色的园林建筑。
寺院并不宏伟，古朴守拙，玲珑雅致，好似一处园林建筑，但飞檐翘首宝相森然，自有一番气度。寺院依山而筑，主座（含正殿与钟楼楼）外观呈重檐歇山顶式与单檐歇山顶相结合的土木结构建筑。青砖黑瓦、翘角垂檐，参差错落，极富层次感。远观像极一只展翅欲飞的大鹏鸟。内部布局严谨、古朴守拙、玲珑雅致，是闽越宫殿建筑要素最齐全、保留最完好的范本。
寺院正殿前围有照壁。照壁正面书写“峰回路转”，背面书写“月印潭心”。照壁正脊上塑有鲤鱼跃龙门的泥塑。中间龙头四平八稳地正对门外，而众鲤鱼争先恐后地跃出龙门，游离小溪，奔向大海去了，所以又叫鲤鱼出溪。鲤鱼出溪在本地语境的内涵是：走出山旮旯，融入大世界。
下埕墙柱刻有朱熹与张孝先的巧对：“闇潭水涌天心月，转山石卷岭头云”。墙柱顶端各塑有一只小可爱狮。狮面朝外，憨态可掬，作欢呼雀跃状，像是热情地欢迎每一个游客的到来。
正殿分上下两座，下殿为祖师殿，祀开山祖师卢公像。大门上悬挂“闇亭禅寺”镏金匾额。正厅中植四根圆柱，柱挂两幅鎏金暗龙楹联。神龛全部用雕刻精湛的屏风装饰，古色古香，精美绝仑。后殿为观音殿，祀观音大士。 正殿屋脊两端双龙在顽皮嬉戏，张嘴喜目而望，守护着正脊之中莲花座上的七层瑞塔。翘檐垂脊上装饰着形态各异的异兽珍禽，简直就是一个远古动物园复原。飞檐翘角下飞凤展翅，轻盈活泼。
主殿左右分立钟鼓楼，庄严古朴。楼顶屋脊各有双鲤拱托一个仙葫芦。楼正面各开一圆窗，圆窗边缘描有火焰形，寓意太阳，两侧绘有牡丹花瓶，寓意吉祥。钟楼、鼓楼对望墙面，各有一小爿空白，建筑师于是又补白了三个戏子泥塑，衣着各异，特别右三者须髯尽显、历历在目。戏子两旁各置两台古老的挂钟，指针位置依稀可见。
整座寺院，凡屋面下覆、斗拱穿行、垂柱突兀，无不以雕花镂之。 或亭塔、或山水，或花草、或人物…… 廊房墙壁、砖墙空隙无不以彩绘饰之，或佛事，或人事，不一而足。其中有一幅署名樟谷山人的彩绘，画的是春天插秧的景象。题诗也极有禅机：“手把青秧插水里，低头便见水底天。六根清净方为道，退步原来是向前。”抬头见天，低头也能见天，退步有时也是在向前。这莫非就不是佛陀见地。
总之，建筑师傅在建造闇亭寺时，无不因势利导，见缝插针。上至屋顶，下至柱基，无一处落空，无一笔留白，于大处见气度，于小处见精致。努力做到不留一丝缺憾。更为神奇的是，正殿左侧上竟有一座民国时建筑的西洋风格的砖红色楼房。这在有着严格传承的宗教建筑里是极其罕见的。当时西学东渐，想不到，在这个远离都市的僻远深山老林中，寺院建造者能如此及时捕捉、吸纳并接受西洋文化的元素，为己所用，此等眼光，却是何等开明了的。
寺后有一瀑布，流水从寺中穿廊而过，与寺院右侧涧水汇于寺前一潭，与庙前照壁里的四字“月动潭心”相映成趣。站在潭边，顿觉心灵澄澈，似与天地万物交融为一体，不留一丝挂碍。
