相传昔日孝女林默娘投海救父后，负父尸漂流至此澳口，居民除将之厚葬于此，并立庙奉祀（称为妈祖庙）外，也将此地名改为“妈祖澳”。至今石棺板仍在庙中央的地上。后来“国军”驻守妈祖，觉得名称较柔弱，去女字边，才改再称“马祖”，即马祖命名之由来。
自打南宋开始，加上元明清14个黄帝先后敕封了36次，林默地位从“夫人”“天妃”“天后”到“天上圣母”，封号最长达64个字，已达到无以复加的地步。最珍贵的是从北宋以后中国封建社会进入顶峰时期，除了女娲、王母这些上古形成的女神，人们信仰的保护神几乎全是男性，唯独妈祖例外。20世纪80年代，联合国有关机构授予妈祖“和平女神”称号。
香火鼎盛的天后宫是马祖最具代表性的庙宇，亦是妈祖在得道升天之前埋葬灵骸的地方，而在天后宫的宫中也仍遗存有妈祖的墓石。相传妈祖为了解救在海上遇难的父亲随即投入海中觅救，随后妈祖背负着父亲的遗体漂流到现今南竿塘马祖澳口，居民将之葬于天后宫现址，之后由于妈祖常常显现神灵保佑当地以海为生的渔民，遂于现址立庙奉祀。妈祖的故事流传到各地，为了感念妈祖，该境因而更名为妈祖澳，马祖的四乡五岛也统称为马祖列岛。天后宫确切的原始兴建年代已不可考，但在两岸近年来兴起的妈祖学当中，极具重要的研究地位，而根据重修的碑志记载，天后宫自1943年来，历经5次大大小小的整修，由于缺乏专业的工匠来修筑，使得在整修过程中逐渐失去了闽东传统的建筑风貌。
妈祖慈悲，是台湾及大陆沿海地区渔民的普遍信仰，因出生地在福建莆田湄洲，湄州祖庙一向被视为信仰重镇，不过，记了生却不记死，要问妈祖灵体究竟葬在哪里？却没有明确的文字记载。位于南竿的马祖境天后宫最近动作积极，争取其领导地位，凭借的就是庙内的妈祖灵穴。
有了生就有死，一般普遍接受的说法，妈祖是在16岁时得道，当时她为了搭救遭遇海难的父亲而跳入海中，但不幸双双罹难，遗体随海流飘流到闽江口一带，莆田乡亲得知消息后，驾船来将父女俩遗体迎回，而传说在这此有了分歧。
有一版本是说，莆田乡亲迎回了遗体，但另一版本则说，莆田乡亲打开石棺时，不见灵体，妈祖早已羽化升天，也有一说是，棺木打不开，妈祖示意留在原地。至于马祖境天后宫早先的说法则是，妈祖被渔民打捞上岸，因感佩其孝心，将她葬在海岸边，后来，莆田乡亲跨海到南竿将妈祖圣体迎回，只保留衣冠冢。
不过，马祖境天后宫最近推翻这个流传已久的说法，强调天后宫内保留的不只是衣冠冢，而是圣体存放的灵穴。如果千年前莆田乡亲真的迎回妈祖圣体，怎会留下随身衣物？衣服一定是随圣体回去才合理，所以不会是衣冠冢，凤纹石板下的就是灵穴。
马祖境天后宫的灵穴留存已久，只不过早年都在供桌下，之后才依妈祖指示将供桌后移，供人瞻仰。天后宫整建得相当频繁，大约20年就要整修一次，每一次整建若有意改变灵穴，都会发生一些无法解释的奇异现象。以1963年来说，当时军队办理伙食时不慎失火，导致部分庙体受损，为平息众怒而承诺改建，而工兵施工时不知灵穴所在一律铺上地砖，隔天地砖竟离奇地全部破碎。
