北禅寺始建于唐代僖宗年间 ，距今1100多年，几度废弃，并且从五凤山一路迁到了北城门外。寺院坐西向东，占地600多平方米，由大殿、披榭、天井、厢房组成。“北禅寺”之名，乃因其位于城北而为民间所呼的俗名，本建筑正式的名称已不考。福州旧有东南西北四禅寺，今只有西禅寺原名可考。
北禅寺藏匿闹市居民区，仅“弹丸”之地，声名不显。谁曾想到，它是古代福州府著名的东西南北四大禅寺中幸存的两座之一。原大殿面阔五间，进深三间，穿斗式木构架，双坡山墙两侧设风火墙，保存较好。该大殿现已被信徒拆毁，改建为混凝土结构的两层三开间歇山殿堂。
北禅寺原从五凤山灵光寺分来，两寺为上下院关系。南宋初期，抗金名将李纲丞相被罢闲居福州时，曾主持北禅寺重建工程，亲书“大雄宝殿”匾额悬于大殿，并读书于寺中。灵光寺衰败后，田地及山林并入北禅寺。
明万历年间，寺宇损毁，著名诗人曹学佺、名士徐渤和谢肇淛等鼎力相助，寺庙得以重建。晚明时期，寺院毁于兵燹火难。
清康熙初年，郡人、翰林编修郑开极邀请福建总督范承谟、山西道监察御史萧震等，资助重建北禅寺，并礼请鼓山高僧元贤禅师住持。香火鼎盛时，常住僧人达五百之众。受一些历史因素影响，目前该寺面积仅存3000平方米。
寺里有玉佛和释迦牟尼真身七彩血舍利，堪称镇寺之宝。寺里的玉佛为坐佛，作闭目沉思状，三四十厘米高，形态丰润，神态安详，衣褶饰金，线条流畅，但不知年代。玉佛后面佛龛供奉释迦牟尼真身七彩血舍利及其十大弟子之一目犍连尊者骨舍利。七彩血舍利形状各异，或像珍珠，或像水晶。
本世纪初，缅甸蒲甘塔林全面维修，邀请包括时任新加坡佛总主席惟俨长老等世界各地高僧出席，并赠送佛陀等舍利给各国建塔供养。2006年，法贤法师从新加坡学法归来，入住北禅寺，并将惟俨长老所赠予的佛陀血舍利和目犍连尊者骨舍利捐献出来，供大家瞻仰。
北禅寺还有一宝，那就是后院亭中的一口铁钟。钟已锈迹斑斑，但铭文仍然清晰。铭文题刻“北禅寺”，落款是“主事肃颖、陈道超重建，鼓山住持僧仝建钟鼓……”由此可知，北禅寺在1874年重建时，鼓山僧人安设了鼓和钟，可见北禅寺与鼓山僧人的渊源。
