南少林寺，历史悠久，始建于唐代，于清朝嘉庆年间因被白莲教占据被清兵焚毁。近年经考古工作者调查、考证和考古挖掘，在1993年6且4日，在福清市东张镇少林自然村，找到了少林寺遗址，又经福建省、福州市联合考古队对遗址进行考古发掘，出土大量珍贵文物。
南少林寺遗址中发现“少林院”、“少林”等石刻铭文，南少林寺以及石桥、石盂、石槽、石碾（药臼）、石碑、石础、石舂臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有和尚墓塔等上千件文物，不胜枚举使少林寺遗址得到科学的验证。
在中国，南北方皆有少林寺。北少林寺在中州嵩山，南少林寺在闽中。但长期以来，南少林寺在闽中什么地方却没有定论。这一争论多年的历史悬案，终于有了圆满的答案。
从少林尾经少林石路，过少林桥，进入山门，有九个层次分明的大阶地，寺院依山起势成阶梯式建筑，前后进深180米，主座及两厢附廊宽达68米，建筑面积近2万平方米。寺院建筑群十分浩大，寺内有极为完整的排水系统和用特制的瓦筒安装的供水设施，四周筑有防火墙，墙外还有附属建筑物，是一座大型禅宗寺院。
福清少林寺遗址，无论其山川地貌、寺院风水和文化内涵都与河南嵩山少林寺相似，同为莲花宝地，九莲山环峙。福清少林寺后面的山，也叫嵩山。
福清少林寺遗址，经国家文物管理局批准，从1995年7月起由省市联合考古队进行发掘，出土了大量少林寺文物，如“少林院”“少林”等石刻铭文，以及石桥、石孟、石槽、石碾、石碑、石础、石春臼、石磨、石香炉、瓷器、钱币、铜镜，还有巨型的北宋早期的和尚墓塔等上千件文物。
福清少林寺遗址面积达5000平方米，寺院建于唐宋时期，属佛教寺院建筑，其布局依山体走向，沿阶地进行设计建造，工艺精细。寺院周围有4条当年对外交通古道和10多座古桥。经批准，福清在少林寺遗址上重建南少林寺。
据北宋梁克家《三山记》记载，北宋初年，福清县已有僧寺196所。福清“新宁里”建有“少林院”。新宁里就是在东张镇，与永泰、莆田交界。考古证明，北宋时，福清少林院是很兴旺的。据《刘克庄全集》《福清县志续略》《续古尊宿语要》等记载，南宋少林院的住持是被称为“铁鞭韶”的著名武僧。“铁鞭韶”俗姓刘，名允韶，因使用铁鞭武器出名，所以取字铁鞭。“铁鞭韶”为临济宗第15代禅师，住持福清少林院后，名气很大，先是被苏州太守请去承天寺，后又被温陵（泉州）府通判请去光孝寺。少林武术流入民间，逐渐与当地南拳结合，成为闻名遐迩的南少林拳。
