尚书祖庙位于盖山镇上岐村凤鸣山南麓，原是乌龙江边“化船道”旁的小庙坛，于明天启七年(1627)移位到上岐村的凤鸣山下，原为凤鸣寺，民国9年（1920）由严复倡资重建，改为纪念南宋民族英雄陈文龙的“尚书祖庙”。
陈文龙福建莆田人，初名子龙，度宗为之改名文龙，赐字君贲，字刚中，号如心，陈俊卿五世从孙。早年随父陈粢定居连江长乐（今阜山）。幼颖悟，苦学不厌。淳祐十一年，入乡学。宝祐四年，入太学。宋咸淳四年戊辰科进士，龙飞射策第一，宋度宗赐名文龙。
陈文龙生于忧患，官于忧患，因得罪奸相贾似道，屡被贬黜。元军大举南下，贾似道兵溃鲁港，陈文龙复起，后升参知政事（副宰相）。元军攻下临安后，景炎元年（1276年），益王赵昰在福州称帝，陈文龙复为参知政事，权知枢密院事，又以闽广宣抚使讨伐漳州之叛，平定兴化石手军之乱。
元军入闽，陈文龙因统领水军抵抗元兵侵略有功，被宋皇御封为水部尚书。陈文龙在守兴化时，通判曹澄孙开门降敌，陈文龙与家人被俘，被押送至杭州，陈文龙绝食而死。据传说，陈文龙死前曾脱下外衣，咬指血书“效死勿去”。此衣被风吹至钱塘江入海，又漂浮至闽江口，随潮漂到阳岐江滨，乡人拾得血衣，感佩不已，遂集资建庙。福州人奉陈文龙为水神，称水部尚书，所以庙名“尚书庙”，阳岐是第一座，故称“尚书祖庙”。凡行船走海及捕鱼的皆信奉陈文龙，认为可保佑水上平安。福州有许多尚书庙，著名者为万寿尚书庙、三保尚书庙、竹林尚书庙。尚书庙还分香到马祖岛，连古琉球国人也信奉陈文龙。
阳岐尚书祖庙占地3805平方米，周封火山墙，总体布局为正面三殿堂并列，中为尚书祖庙，右为毓麟宫，左为忠肃祠。前后四进，并配有戏台、回廊、厢房及拜亭等，构成一座庞大的建筑群落。主祠前方庙埕上建有两座碑亭，重檐歇山顶，四角十二柱。左边亭子立有八通清代重修碑原物，右边亭子立有重修碑复制新建品。祖庙由戏台、藻井、祭厅、中天井、大殿组成，第二进、三进主建筑均面阔三间，进深五柱，石柱木梁架，构架为抬梁穿斗式。
祖庙东侧为敏麟宫，由、天井、酒楼、三宝殿、观音殿组成，第二进、三进主建筑均面阔三间，进深五柱，石柱木梁架，构架为抬梁穿斗式。西侧为忠肃祠，俗称行乐厅，陈列有状元船。祖庙集中福州一批能工巧匠建造，如石制品就出自名匠蒋源成之手，造型大方，设计精巧，精雕细琢，建筑技艺堪称一流。庙宇重檐叠宇，雕梁画栋，具有典型的清代建筑艺术风格。另外，祖庙不仅正中门额由严复亲笔题刻，大殿内还有10多副楷、行、草俱备的楹联，出自林则徐、沈葆桢、陈宝琛、萨镇冰、郭尚先、林鸿年等名臣学者之手，弥足珍贵。
阳岐尚书祖庙旧时曾以尚书出海、普度等活动而闻名，现每年台湾宗亲回乡探亲都会来祖庙进香。该文物建筑对于研究福州地区尚书民间信仰、近代建筑、严复史迹具有重要实物价值。
