光绪三十三年（1907年），应中国牧师的要求，英国圣公会决定在福州设立教授英语的学校，由都柏林大学福建布道会负责，传教士万拔文（W.S.Pakenham-Walsh）兼任英文班的事务工作，同时调了来必翰（Rev.W.P.W.Williams）来福州，校址设在施埔，校名为“圣马可书院”。光绪三十五年（1909年）8月，圣马可书院归入都柏林布道会系统。
宣统三年（1911年），因圣马可书院校舍狭小不敷使用，圣公会差会决定筹建新校舍。同年12月，购入原俄国领事馆及其周围的4座洋房和园地，由兴豫和上海外国工程师设计施工，民国元年（1912年）校舍竣工，翌年教堂竣工。同年，圣马可书院和“广学书院”、“桥南两等小学校”三校合并成立“福州三一中学”（Trinity College）（现福州外国语学校），校址设于原圣马可书院校舍。
圣马可书院礼拜堂系仿上海圣约翰大学教堂形式设计建造，单层，红砖砌筑，平面十字形，立面呈哥特式建筑风格，正面朝北，正中辟门，门前有三角形雨披；左右为细长的哥特式尖券窗，山墙顶端有小型尖塔，下有小型玫瑰窗。教堂侧面窗户为平缓的维多利亚式拱窗；屋顶为钢木桁架小青瓦屋面，内部装饰也呈简化的哥特风格。
礼拜堂先后作为校办工厂、礼堂、停车棚等使用。因使用不当，缺少起码的维护，至严重破损，在2008-2011年左右被校方拆毁。目前校内仅余“教堂旧址”石碑一块，可能是教堂的奠基石碑。
