清同治五年（1866年），沈葆桢创立船政时，为船政重臣以及他船政高官办公在马尾修建一座总理船政事务衙门。衙门旧址位于马尾莺脰山下，是兼具晚清时代中国传统建筑特色，又融合衙门官府、福州官宦民居特点的南方府衙典范。
衙门为木结构房屋，三进面阔三进深，占地面积四百八十平米。衙门前有一官厅池（即放生池），上下旗杆，抱鼓石等，门额上悬挂“总理船政”竖额，前廊木柱上带沈葆桢题写的：“以一簧为始基，自古以来天下无难事；致九高译之旧法，于今我国圣贤。”衙门内建了大厅、前、后露台，上下宅子等。1956年修福马铁路线时，船政衙门被毁，今仅剩官厅池。
总理船政事务衙门与设立在北京的总理各国事务衙门一样都是国家特设机构，其所辖事务涵盖了造船、海军教育及舰队操练等多方面的内容，是近代中国最早进行海防、海军建设的国家机构，具备了西方国家海军部的雏形。
旧时的船政衙门与官厅池、天后宫为一条直线，如今原址上为马尾小学，因此在复建衙门时人们只好将船政总理衙门新址选在旧衙门的旁边。现在复建的船政总理衙门虽然没有初建时的面积大，不过翻修一新的船政衙门看起来还是蛮有气派的、带有明显的南方衙门建筑风格。
复建的船政衙门的建筑主梁采用来自印尼的菠萝格木材，此种木材十分坚硬，且稳定性高，具有防火，防潮，防白蚁的作用。复建的衙门的建筑布局和手法上均遵循清工部营造及钦定的大清会典等相关规章法度，为三进建筑，第一进为大门，面阔五间，进深三柱；第二进为大堂，面阔五间，进深七柱，前廊后堂，明三暗五；第三进为二堂，面阔五间，进深五柱。
步入大堂，就是历任船政大臣办公的场所，正中间的屏风为仙鹤朝阳一品文官补子，是参照船政大臣沈葆桢的官级而设立的。两侧的执事牌陈列了历任船政大臣的官职出身，任职的共有22位，其中专职的有8位，福州将军和闽浙总督兼任的各有5位。
二堂包括了卧室、书房、会客厅等。在船政大臣会见属僚的议事厅正中央，悬挂匾额“开物成务”，这是引自《周易》中的一句话。“夫易，开物成务，冒天下之道，如斯而己者也”。意寓只要掌握了造船的技术，就能完成船舶生产的一切任务。
走出衙门，在后门可以看到同期建成官厅池。官厅池占地面积700平方米，采用花岗石砌造而成，水清景美。官厅池集天水（雨水）、地水（泉水）、江水为一体，可谓集天地人和。官厅池通过船政十三厂水道与闽江相通，水位受潮汐影响而涨落，既美化环境也具有防火功能，还能存储造船所需的木料。
位于官厅池旁边的建筑就是船政前后学堂，这是近代中国最先引进西方自然科学教材和教育制度的新式学堂，为中国近代造船、航海、航空等事业做出了巨大贡献。
